Uppgifter

För alla uppgifter gäller det att ta reda på så mycket om möjligt om de proteiner som du skall studera. Du bör försöka ta reda på alla homologer och från vilka organismer dessa kommer, ifall det finns en känd struktur för något av dessa proteiner osv.

Sjukdomar

Du sitter på ett läkemedelsföretag som bioinformatiker och får i uppdrag att ta reda på så mycket som möjligt om följande sjukdom. Speciellt intressant är det att ta reda på alla protein som kan vara inblandade i denna sjukdom.

• cystic fibrosis
• Huntington chorea
• retinoblastoma
• Duchenne muscular dystrophy
• sickle-cell anemia
• von Willebrand disease
• Alzheimer disease
• Gaucher disease
• von Hippel-Lindau disease
• Diastrophic dysplasia
• spinocerebellar ataxia
• obesity gene
• Werner's syndrome
• Malignant melanoma
• Gyrate atrophy of the choroid and retina
• Long-QT Syndrome
• Marfan syndrome
• Myotonic dystrophy
• Severe Combined Immunodeficiency
• Lou Gehrig's disease
• Fragile X syndrome
• Menkes disease
• Adrenoleukodystrophy
• Testis Determining Factor (SRY)

Proteiner

Du jobbar som bioinformatiker på Stockholms Universitet och din chef vill att du skall ta reda på så mycket som möjligt om följande protein.

• zinc-finger proteins
• ferritin
• G-protein coupled receptors
• GroEL and GroES
• HLA
• actin
• hsp70
• glycophorin A
• maltoporin
• SH2 domains
• SH3 domains
• signal peptidase I
• proteasome
• growth hormone receptor
• leghemoglobin
• protein A
• Barnase (Bacillus subtilis RNAse) and Barstar (B. subtilis RNAse inhibitor)
• Rop
• Ras
• p53
• HIV protease
• DsbA
• GCN4
• P-glycoprotein
• EF-Tu (elongation factor Tu)
• shaker ion channel
• melobiose transporter
• Hammerhead ribozyme