Tenta in bioinformatics 2000

Tentamen in bioinformatik 2000

Introduktion:

Tentamen äger rum i sal 4V den 8/12 2000 mellan klockan 09:00 och
12:00. Inge hjälpmedel annat än papper och penna är tillåtna. Skriv
inte för långa svar, för frågor värde 4p så räcker det med ca 1 A4
sida och för frågor värda 2p med en halv. För godkänt behövs 15 p
(50%) och för VG 22.5 (75%). Notera att VG ges bara på hela kursen och
att G är nödvändigt för att få hela kursen godkänd.


-----

- Beskriv hur dynamisk programmering fungerar igenom att beskriva hur man 
fyller i matriesen. Beskriv skillnaderna man gör för lokala och globala
upplinjeringar. (4p)


- Hur fungerar GOR-III metodern för sekundärstrukturprediktion, varför
  är den bättre än Chou-Fassman (3p)

- Genom mapping och linkage analys, har du identiferat en del av en
  chromosom som är kandidat till att orsaka cancer.  Igenom att
  sekvensera denna del så finner du två intilliggande paraloger som
  härstammar från en gemensam gen.  Sökning i GenBank visas endast en
  homolog i mus.  Beskriv (på engelska) hur du ska ta reda på
  funktionella likheter och olikheter mellan två humana generna och
  mus genen. (4p)


- Ge en översiktlig beskrivning av metoden TMHMM för prediktion av
  membranproteiners topologi. För ungefär hur stor procent av alla
  'helix-bundle' membranproteiner ger TMHMM rätt topologi? (4 poäng)

- Beskriv hur veckningsigenkänningsmetioden GenTHREADER (av David
  Jones) fungerar. (4p)


- Säg att du har fått en DNA-sekvens (och dess motsvarande
  proteinsekvens) för en förmodad ny human gen. Vilka tre databaser
  skulle du först söka i för att få en uppfattning om vad det kan vara
  för gen? Förklara varför du väljer just de databaserna. (3p)


- Finn minst tre exempel på intressanta mönster i följande multipla
  alignment (använd den givna numreringen ovanför själva sekvenserna), och
  ge en möjlig orsak för varje mönster du ser. (3p)

              0        1         2
              123456789012345678901234567

TYY1_HUMAN    YVCPFDGCNKKFAQSTNLKSHILT..H 
KRUP_DROME    YTCE..ICDGKFSDSNQLKSHMLV..H 
YKQ8_CAEEL    YKCT..VCRKDISSSESLRTHMFKQHH 
ZFA_MOUSE     FKCD..ICLLTFSDTKEVQQHALV..H 
BASO_HUMAN    FQCD..ICKKTFKNACSVKIHHKN.MH 
SFP1_YEAST    FKCPVIGCEKTYKNQNGLKYHRLH.GH 
CF2_DROME     HKCP..DCPKTFKTPGTLAMHRKI..H 
P43_XENBO     HSCPTAGCKMTFSTKKSLSRHKLY.KH 


- Ge två exempel på jämförelser mellan två organismer som kan göras när
  man har de hela genomen för dem, men som är svåra eller omöjliga utan,
  och förklara varför. (2p)

- Strukturell likhet mellan två proteiner eller domäner betyder inte
  nödvändigtvis att dessa har liknande funktion. Diskutera hur
  resultaten från en veckningsigenkännings ("fold
  recognition"/"threading") sökning skall tolkas med utgångspunkt från
  funktion (3p)

Summa: 30 p